НАШИ ПАРТНЁРЫ:

1.	Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова   2.	Институт биоорганической химии РАН им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова

 

   Институт биологии гена РАН

НИЦ Курчатовский институт   Институт нормальной физиологии им П.К. Анохина РАМН

НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН   10.	НИИ высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Институт Ревматологии РАН   Санкт-Петербургский Государственный университет   

Российский научный центр радиологии и хирургических технологий  

Институт физиологии РАН им. И.П. Павлова   Институт системной биологии

Институт прикладной физики РАН   Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского  

Российский федеральный ядерный центр – Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной физики   Институт физиологии и биохимии растений и микроорганизмов РАН

Институт проблем лазерных технологий РАН   Институт Земного Магнетизма, Ионосферы и Распространения Радиоволн РАН (ИЗМИРАН)

Южный федеральный университет   Институт Фотоннных технологий (Йена, Германия) (Institute of Photonic Technology)

Противораковый институт (Сан-Диего, США) (Anticancer Institute)   Институт Мозга, Япония (Brain Science Institute (BSI), RIKEN)

Центр офтальмологии и визуальных наук Университета Коимбра, Португалия (IBILI, Faculty of Medicine, University of Coimbra, Portugal   Лондонский исследовательский институт, Великобритания (London Research Institute, Cancer Research, UK)

Институт Фундаментальных исследований в медицине, Осло, Норвегия (Institute of Basic Medical Sciences, Medical Faculty of the University of Oslo, Oslo, Norway)   Институт физиологической химии, Эссен, Германия (Institute of Physiological Chemistry, University of Essen, Essen, Germany)

Компания «Медозонс»   Компания «Imalux Corporation»

 

 

 

 

 

 

 

 

Основные достижения

 

Постгеномные технологии - это технологии, которые возникли на основе знаний о геномах живых организмов. Сюда входят такие современные направления исследований, как  транскриптомика, протеомика, метаболомика и интерактомика. Результатом постгеномных исследований является накопление обширной и разнообразной информации, которая обрабатывается методами биоинформатики и постепенно трансформируется в системную биологию.

С 1994 года в группе идет активная работа по разработке комплексного экспериментально- биоинформатического подхода к исследованию убиквитин-зависимых механизмов клеточной регуляции. К настоящему времени основные научные результаты достигнуты по следующим направлениям исследований:

1. Экспериментальный блок:

  • С помощью методов генной инженерии налажено получение рекомбинантных белков - компонентов системы убиквитин-зависимой регуляции;

  • Успешно реконструирована убиквитилирующая система in vitro;

  • Проводиться иммунохимическая детекция убиквитина и убиквитин-белковых конъюгатов в норме и при патологии;

  • Изучены специфические белок-белковых взаимодействий между компонентами MMS2/Uev1a -опосредованного катализа с помощью оптического биосенсора Biackore3000;

  • Протеомная характеристика убиквитилирования белков в норме и при патологии: впервые получены данные о новом типе мультиубиквитиновой цепи и механизме его формирования в системах in vitro и in vivo методом тандемной масс-спектрометрии.

2. Биоинформатический блок:

Создана компьютерная программа Distance Searcher (DSearcher) для анализа трехмерных структур белков с целью идентификации структурных закономерностей, обуславливающих субстратную специфичность системы убиквитилирования;

Создана интерактивная база данных UbiProt, посвященная системе убиквитина и содержащая полную информацию о белках-мишенях убиквитин-зависимой регуляции и компонентах убиквитилирующей системы;

Создана компьютерная программа VSDocker для проведения молекулярного докинга на компьютерном класторе;

Создана специализированная объектно-ориентированная база данных Ubiquitomix, содержащая данные о всех компанентах убиквитилирующей системы и их взаимодействии в различных организмах;

Создана программа UbIdent, расчитывающая точную массу модифицированных пептидов для прицельной идентификации убиквитилированных сайтов в белках методом масс-спектрометрии;

Впервые разработана классификация НЕСТ-доменных убиквитин-протеин лигаз на основании филогенетического и структурно-функционального анализа.

 

Сотрудничество: