НАШИ ПАРТНЁРЫ:

1.	Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова   2.	Институт биоорганической химии РАН им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова

 

   Институт биологии гена РАН

НИЦ Курчатовский институт   Институт нормальной физиологии им П.К. Анохина РАМН

НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН   10.	НИИ высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Институт Ревматологии РАН   Санкт-Петербургский Государственный университет   

Российский научный центр радиологии и хирургических технологий  

Институт физиологии РАН им. И.П. Павлова   Институт системной биологии

Институт прикладной физики РАН   Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского  

Российский федеральный ядерный центр – Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной физики   Институт физиологии и биохимии растений и микроорганизмов РАН

Институт проблем лазерных технологий РАН   Институт Земного Магнетизма, Ионосферы и Распространения Радиоволн РАН (ИЗМИРАН)

Южный федеральный университет   Институт Фотоннных технологий (Йена, Германия) (Institute of Photonic Technology)

Противораковый институт (Сан-Диего, США) (Anticancer Institute)   Институт Мозга, Япония (Brain Science Institute (BSI), RIKEN)

Центр офтальмологии и визуальных наук Университета Коимбра, Португалия (IBILI, Faculty of Medicine, University of Coimbra, Portugal   Лондонский исследовательский институт, Великобритания (London Research Institute, Cancer Research, UK)

Институт Фундаментальных исследований в медицине, Осло, Норвегия (Institute of Basic Medical Sciences, Medical Faculty of the University of Oslo, Oslo, Norway)   Институт физиологической химии, Эссен, Германия (Institute of Physiological Chemistry, University of Essen, Essen, Germany)

Компания «Медозонс»   Компания «Imalux Corporation»

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  Руководитель группы Мурат Рушанович ГАЙНУЛЛИН 

 

 

ГАЙНУЛЛИН МУРАТ РУШАНОВИЧ 

Кандидат медицинских наук 

Зав.отделом биохимии ЦНИЛ НИИ ПФМ

Руководитель научной проблемной группы
"Постгеномные технологии"

Н.Новгород, пр.Гагарина, д.70, каб.75А

+7(831)-465-42-81

Эл. почта: biochem@gma.nnov.ru

 

 

НАУЧНАЯ БИОГРАФИЯ  

Место получения высшего образования, специальность – Нижегородская государственная медицинская академия, лечебный факультет, специальность «педиатрия»

Год окончания ВУЗа – 1991

Ученая степень, год присвоения – Кандидат медицинских наук, 1997

Должность – Руководитель научной проблемной группы Постгеномных технологий НИИ ПФМ

Тема кандидатской диссертации – NAD-зависимая малатдегидрогеназа мозга: внутримитохондриальная локализация и регуляция в норме, при гипоксическом стрессе и введении пептида, индуцирующего дельта-сон.

   

ОБЛАСТЬ НАУЧНЫХ ИНТЕРЕСОВ  

Сочетание вычислительных и экспериментальных подходов для расшифровки механизмов убиквитин-зависимой регуляции.

 

НАПРАВЛЕНИЯ НАУЧНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ 

Текущая исследовательская деятельность направлена на:

  • идентификацию убиквитилированных белков с помощью масс-спектрометрии;

  • оценку возможных перекрестных эффектов между убиквитилированием и другими посттрансляционными модификациями;

  • изучение специфических взаимодействий между белками, связанными с системой убиквитина;

  • получение, визуализация и анализ протеомных, интерактомных, метаболомных и геномных экспериментальных данных, касающихся системы убиквитина;

  • разработку и поддержание веб-ресурсов, представляющих всеобъемлющую информацию о системе убиквитина.

 

НАУЧНЫЙ СТАТУС

Сотрудничество:

Проведение совместных исследований системы убиквитин-зависимой регуляции, разработка новых методом исследования и программного обеспечения с:

  • Institute of Physiological Chemistry, University of Essen, Эссен, Германия;

  • Центром компьютерного моделирования (рук. - д.т.н., проф. Гергель В.П.) кафедры Математического Обеспечения ЭВМ ф-та Вычислительной Математики и Кибернетики ННГУ;

  • Научно-исследовательским институтом биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН (г. Москва, руководитель академик РАМН А.И. Арчаков);

  • ОАО «Институт системной биологии», Новосибирск;

  • Институт цитологии РАН, г. Санкт-Петербург;

  • Center of Ophthalmology and Vision Sciences, IBILI, Faculty of Medicine, University of Coimbra, Portugal;

В 1995-2003 ггприглашенный исследователь:

В 2009-2011 ггприглашенный исследователь:

Участие в проекте № 97-4-03 «Посттрансляционная модификация белков путем ковалентного связывания со стрессорным белком убиквитином: исследование убиквитин-белковых конъюгатов в ткани мозга в условиях гипоксии и ишемии» Международного центра передовых исследований в Нижнем Новгороде (INCAS) – исполнитель.

Автор более 80 научных работ.

Подготовил в качестве руководителя 2 кандидата биологических наук.

Рецензент журналов «Bioinformatics» и «Nucleic Acid Research»

 

ГРАНТЫ И ПРОЕКТЫ:

За период 2007 – 2010 - руководство по двум грантам РФФИ

За период 2002-2010 гг. - участие в 2 российских и 2 международных научных проектах.

 

ПРЕМИИ И ЗАСЛУГИ:

Стипендиат Немецкой Службы Академических Обменов (DAAD) (1995-1997, 2000 г). 

 

ОСНОВНЫЕ НАУЧНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

Изучение убиквитилирования – посттрансляционной модификации белков – является одним из приоритетных направлений в мировой науке. Результаты научных исследований, проводимых под руководством Гайнуллина М.Р., вносят большой вклад в понимание фундаментальных механизмов убиквитин-зависимой внутриклеточной регуляции, играющей ключевую роль как в нормальных, так и патологических клеточных процессах. Разработанный комплексный экспериментально-биоинформатический подход к изучению системы убиквитина, а также разработанные специализированные компьютерные программы и интерактивные ресурсы, посвященные системе убиквитина, получили признание на мировом уровне.

 

ПЕДАГОГИЧЕСКАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ

  • 2006-2009 г.г. -  кафедра биомедицины, Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского. Лекционные курсы «Постгеномные технологии» для первого года магистратуры и «Введение в биоинформатику» для третьего года бакалавриата;

  • 2002, 2004 - факультатив по биоинформатике, преподаватель биологического факультета Нижегородского государственного университета им. Н.И. Лобачевского;

  • 2000-2001 г.г. - практический курс по биохимии, ассистент Института физиологической химии, университет г. Эссен, Германия;

  • 1992-1993 г.г. - практические занятия по биохимии, кафедра биохимии, Нижегородская государственная медицинская академия, Нижний Новгород.

 

ПРЕМИИ И ЗАСЛУГИ

Почётный диплом Губернатора Нижегородской области (2010).

 

ИЗБРАННЫЕ ПУБЛИКАЦИИ 
 

  1. Prakhov N.D., Chernorudskiy A.L., Gainullin M.R. (2010) VSDocker: a tool for parallel high-throughput virtual screening using AutoDock on Windows-based computer clusters. Bioinformatics, Vol. 26 (10), P. 1374-1375. (Impact factor: 4.926) bioinformatics

  2. Жаберева А.С., Чаплыгина Е.В., Гайнуллин М.Р. (2008) Филогенетический и структурно-функциональный подход к разработке классификации НЕСТ-доменных убиквитин-протеин лигаз. Нижегородский медицинский журнал - 2008, Т. 3, С. 123-124.

  3. Жаберева А.С. Кондратьева Е.В., Чернорудский А.Л., Гайнуллин М.Р. (2008) Исследование динамики содержания убиквитилированных белков в плазме крови животных–опухоленосителей. Сибирский онкологический журнал, 2008, Приложение № 1, С. 70 - 71

  4. Chernorudskiy A.L., Garcia A., Eremin E.V., Shorina A.S.(Zhabereva), Kondratieva E.V., Gainullin M.R. (2007) UbiProt: a database of ubiquitylated proteins. BMC Bioinformatics 8 (1): 126. (Impact factor: 3.43) BioMed Central

  5. Chernorudskiy A.L., Shorina A.S.(Zhabereva), Garcia A., Gainullin M.R. (2006) Prediction of direct effects of protein ubiquitylation using computational analysis.Biophysics, Vol. 51, Suppl. 1, 39-43 SpringerLink

  6. Chernorudskiy A.L., Shorina A.S.(Zhabereva), Garcia A., Gainullin M.R. (2006) Direct influence of ubiquitylation on a target protein activity: “loss-of-function” mechanism revealed by computational analysis. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Edited by N. Kolchanov and R. Hofestдdt (Novosibirsk, Russia, July 16–22, 2006), Vol. 1, p. 252 – 255.  Институт цитологии и цитогенетики

  7. Гайнуллин М.Р., Гарсия А. (2005) Роль системы убиквитина в патогенези малигнизации. Нижегородский медицинский журнал. 2005. №1.С. 128 – 134 .

  8. Гайнуллин М.Р., Шорина А.С. (Жаберева) (2003) Биоинформатический анализ особенностей пространственного строения белков – мишеней убиквитилировния. Нижегородский медицинский журнал, 2003, №1, С. 66 - 73

  9. Йенниссен Г.П., Хватова Е.М., Гайнуллин М.Р. (2000) Убиквитин – фактор деградации белков клетки и регуляции ее функций. Роль в патологии. Нижегородский медицинский журнал, 2000, №1, С. 104-109

  10. Khvatova E.M., Yerlykina E.I., Gaynullin M.R., Michaleva I.I. (1997) Brain metabolic adaptation to hypoxia stress // In: Neurochemistry: cellular, molecular and clinical aspects (Teelken A., Korf J., eds.), New York, London, Washington D.C., Boston: Plenum Press, p. 757-760.

  11. Хватова Е.М., Гайнуллин М.Р., Михалева И.И. (1995) Влияние пептида, инду-цирующего дельта-сон, на каталитические свой-ства митохондриальной малатдегидрогеназы мозга. Бюлл. эксперим. биол. мед, т. СХIХ, №2, 1995, С. 141-143.